Facturen betalen is een ingewikkeld proces, niet alleen vanwege het grote aantal betrokkenen, maar ook omdat het aan veel eisen moet voldoen. Budget en Beheerscontrole komt tussen op het einde van het uitgavenproces. Daarom worden elk jaar budgetten aangevraagd aan de FOD Budget en Beheerscontrole om de facturen te betalen.
De facturen dekken verschillende soorten uitgaven. Er zijn terugkerende uitgaven, zoals de facturen voor gas en elektriciteit, en niet-terugkerende uitgaven, zoals de aankoop van extra computers. Het is de taak van de kredietbeheerders van elke entiteit om een bestelling te plaatsen volgens de regels voor de overheidsopdrachten en de kwaliteit van de prestatie of de levering te controleren.
De taak van de vereffenaars van Budget en Beheerscontrole bestaat er voornamelijk in te controleren of de budgetten beschikbaar zijn en deze facturen te controleren zoals wordt bepaald in de wet op de Boekhouding van de Federale Staat van 22 mei 2003.
De afdeling vastleggingen en vereffeningen voert ook een groot aantal betalingen uit aan de instellingen van de Sociale Zekerheid en andere overheidsinstellingen, zoals de Gewesten, evenals de betaling van dotaties.