Bij de oprichting van het Zilverfonds heeft de wetgever er voor gekozen om het Fonds een autonoom statuut te geven als “parastatale B” met autonoom beheer, boekhouding en controle. Administratief leunt het Zilverfonds nauw aan bij de federale Schatkist. De Zilverfonds-wet wijst de administrateur-generaal van de Thesaurie van rechtswege aan als lid van de raad van bestuur en belast hem in de functie van gedelegeerd bestuurder met het dagelijks beheer van het Fonds. Het Zilverfonds doet tegen vergoeding beroep op het personeel van de Staat. Het is gehuisvest in de lokalen van de federale Thesaurie.
De werkingskosten van het Zilverfonds worden ten laste van de algemene uitgavenbegroting genomen. Op de algemene uitgavenbegroting voor het begrotingsjaar 2012 werd hiertoe een bedrag van 336.000 euro voorzien, waarvan slechts 284.832 euro benuttigd werd. De werkingskosten betreffen voor 96,0 % de terugstorting in de Schatkist van de wedden en vergoedingen van de personeelsleden van de Thesaurie die door de Minister van Financiën belast werden met de werking van het Zilverfonds. De andere werkingskosten betreffen voornamelijk de aankoop van kantoorbenodigdheden, de drukkosten van het jaarverslag, de vergoeding van de bedrijfsrevisor en van de regeringscommissaris en de zitpenningen van de leden van de raad van bestuur.